시마네현 쓰와노초에서 대대로 영주의 질병을 전담해온 의사 집안의 장남으로 태어나 열 살 때 아버지와 함께 도쿄로 상경했다. 도쿄대학 의학부를 졸업한 후 군의관으로 육군에 입대했으며 스물두 살에 위생학과 위생제도 조사 및 연구를 목적으로 독일에 국비유학을 떠나 4년간 유학 생활을 했다. 귀국 후에는 유학 중에 사귄 독일 여성과의 슬픈 사랑을 소재로 쓴 첫 소설 『무희』를 발표했고, 이후 군의관으로 근무하면서도 소설, 희곡, 시를 창작하거나 번역과 평론을 발표하는 등 당대의 대표적인 지식인으로 활약했다.
1907년에는 육군 군의총감 및 육군성 의무국장에 취임하며 출셋길을 달리지만 내면적으로는 보수적인 관료와 사상적으로 자유로워야 할 작가라는 모순된 자아 사이에서 줄곧 갈등하며 작품 활동을 이어간다. 육군을 퇴직한 이듬해에 황실박물관 총장 겸 도서관장에 임명되어 사망할 때까지 줄곧 일했다. 대표작으로는 『청년』, 『기러기』, 『아베 일족』, 『산쇼다유』, 『다카세부네』 등이 있다.