1821년 프랑스 북부 루앙에서 태어났다. 16세였던 1837년 지역 문예지에 처음으로 글을 발표하며 습작을 시작했다. 파리 법과대학에 입학했다가 23세 되던 해 갑작스러운 간질 발작으로 학업을 중단하고 고향으로 돌아와 자신이 원하던 창작 활동에 전념했다. 1849년 『성 앙투안의 유혹』의 초고를 완성하지만 친구들로부터 혹평을 받았으며, 1857년에는 『마담 보바리』를 출간하자마자 풍기문란과 종교 모독죄로 기소되기도 했다. 하지만 곧 무죄판결을 받은 플로베르는 큰 명성을 얻었고, 1866년 레지옹 도뇌르 훈장을 받았다. 이후 『감정 교육』의 상업적 실패를 경험하고 이십여 년 전부터 생각해온 작품 『부바르와 페퀴셰』를 집필하기 시작한다. 그 과정에서 글쓰기의 어려움에 부딪힌 플로베르는 친구 투르게네프의 조언에 따라 짧은 이야기를 써보자는 생각에 마지막 도전으로 「구호수도사 성 쥘리앵의 전설」 「순박한 마음」 「헤로디아」를 차례로 완성한다. 1877년 『세 가지 이야기』로 한데 묶여 출간된 이 단편들은 평단 및 대중의 커다란 호응과 함께 그에게 작가로서의 자신감을 되찾아주었다. 플로베르는 『부바르와 페퀴셰』의 집필을 이어가다가 결국 미완으로 남긴 채 1880년 뇌출혈로 사망했다.